とある銘柄を1000株で考えます。
ケース1
99円で買って、100円で売ると1000円の利益に約200円所得税がかかり、800円弱が増えます。
ケース2
99円で900株、100円で100株買って、100円で売ると900円の利益ですが平均取得単価は、切り上げで100円なので所得税がかからず、900円が増えます。
余談
クロス取引なんかでも出来るらしいのですが、判例で株価操作(仮想売買)になったケースがあるとか。
ただ、脱税という意味で裁かれたことは無い認識です。
単元数が多くなると取得単価1円の違いで税金の額も増えるので所得税の計算法は理解しておいた方がお得です。